Пустыню можно разделить на три части - верхняя (та, что лежит в горах), средняя (каменистые предгорья) и нижняя (песчаные долины). В нижней пустыне в основном цветут пустынные лилия и вербена, вечерняя примроза и другие трявянистые растения. В средней пустыне, на каменистых предгорьях и невысоко в горах, можно найти много цветущих кактусов, чойи и окотийо. Если подняться еще выше в горы, то появляется юкка и агаве.

Поле вербен:

 Песчаная примула:

 Примроза и песчаная вербена:

 Цветение агавы в пустыне Анза Боррего:

Цветок агавы крупным планом:

Кактус "прыгающий чойа" похож на плюшевого медвежонка. Однако это один из самых грозных кактусов юго-запада Калифорнии. От легкого прикосновения его сегменты отделяются от растения, впиваясь в жертву многочисленными крючками:

 Разновидность ферокактуса возвышается как свеча:

 Цветущий кактус "бобровый хвост", или опунция низовая:

 Цветение кактуса "Маммиллярия бокасанская":

 Цветение бочкового кактуса:

 В марте начинает цвести растение под названием окотийо:

 Ветви окотийо крупным планом:

 В северной части национального парка располагается Каньон пальм (Palm Canyon), где растут необычного вида пальмы:

 Тропа каньона пальм ведет в оазис, где часто можно увидеть находящихся под угрозой исчезновения снежных баранов:

 Весной много корма для мелких животных, которых здесь можно увидеть воочию, например, зайцев:

Цветение в пустыне длится недолго. Всего несколько недель – и безжалостное солнце уничтожит все великолепие цветущих растений.

Вид с горы на пустыню Анза Боррего в долине Блэр (Blair Valley):

Самая высокая точка в горах долины Блэр - 1621 м. В юго-западной части национального парка есть невысокая (158 м), но интересная гора под названием Split Mountain, что можно перевести как "Расщепленная гора" - гора действительно как будто расщеплена на части, образуя каньоны:

Рядом с Расщепленной горой находится не менее интересное место - выветренные пещеры (Wind Caves):

Еще одна природная достопримечательность пустыни Анза Боррего - Pumpkin Patch, или тыквенный участок. Благодаря постоянному разрушению почвы водой и ветром, вышли наружу эти зацементировавшиеся со временем образования из песчаных частиц и минералов, сформированных вокруг ядра, часто органического происхождения (листа, зуба, части скелета):

На территории пустыни можно увидеть уникальный парк доисторических скульптур, которому посвящена отдельная статья: